Общество с ограниченной ответственностью «Белоярская АЭС-Авто» создано в июне 2009 года на базе автотранспортного цеха Белоярской АЭС, существовавшего с 1962 года.
ООО «Белоярская АЭС-Авто» является коммерческой организацией и дочерним предприятием ООО «Энергоатоминвест», входит в контур управления АО «Концерн Росэнергоатом»